Fakultas Ilmu Sosial dan Ekonomi (FISE) Universitas Negeri Yogyakarta (UNY) merupakan pengembangan dari Fakultas Ilmu Sosial (FIS) UNY. FIS merupakan pengembangan dari Fakultas Ilmu Pengetahuan Sosial (FPIPS) Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan (IKIP) Yogyakarta. IKIP Yogyakarta didirikan berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan (PTIP) Nomor 55 Tahun 1963, tanggal 22 Mei 1963. Salah satu fakultasnya adalah Fakultas Ilmu Pengetahuan Sosial (FKIS) yang diresmikan oleh Menteri PTIP pada tanggal 21 Mei 1964. Keputusan ini dikukuhkan dengan Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 268 Tahun 1965, tanggal 14 September 1965. Dalam rangka memperkuat kedudukan pendidikan di bidang Ilmu Sosial, Rektor IKIP Yogyakarta mengeluarkan SK Nomor 05 Tahun 1965 yang antara lain memuat perubahan FKPS menjadi Fakultas Ilmu Sosial (FKIS).

Untuk mempertegas karakteristik pendidikannya, berdasarkan Keputusan Presiden Republik Indonesia No. 54 Tahun 1982 tanggal 7 September 1982, tentang struktur organisasi IKIP Yogyakarta, FKIS berubah menjadi Fakultas Pendidikan Ilmu Pengetahuan Sosial (FPIPS).

Sejalan dengan perkembangan Ilmu Pengetahuan Teknologi dan Seni (IPTEKS) dan tuntutan dunia kerja, IKIP Yogyakarta dikembangkan menjadi Universitas Negeri Yogyakarta (UNY) berdasarkan keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 93 Tahun 1999, tanggal Agustus 4, 1999. Hal ini diikuti dengan perubahan nama fakultas di UNY, FPIPS berubah menjadi FIS, yang disahkan berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 274/0/1999 tentang Organisasi dan Tata Kerja UNY. Dengan perubahan nama tersebut, FIS berwenang menyelenggarakan program studi di bidang pendidikan dan non kependidikan.

Upaya perubahan dan pembangunan terus dilakukan untuk memenuhi tuntutan masyarakat. Oleh karena itu, nama FIS diubah menjadi Fakultas Ilmu Sosial dan Ekonomi (FISE). Berdasarkan Peraturan Menteri Pendidikan Nasional RINomor 12 Tahun 2006 tentang Organisasi dan Tata Kerja Universitas Negeri Yogyakarta, FIS diubah menjadi Fakultas Ilmu Sosial dan Ekonomi (FISE).

Berdasarkan sejarah berdirinya, senat FIS UNY menetapkan tanggal 14 September 1965 sebagai hari lahir FISE UNY. Penetapan tanggal ini diambil dari dasar hukum formal keputusan Presiden Republik Indonesia tentang penguatan dan pengesahan berdirinya IKIP Yogyakarta, tanggal 14 September 1965.